Após Brock apresentar o mundo Pokémon, vemos Ash e Misty participando de uma competição com pokemon de água. Totodile e Corsola são os escolhidos para competir e durante a corrida conhecemos Alto Mare e seus guardiões.
No entanto, antes de conhecermos Alto Mare, somos apresentados a Anne e Oakley, duas espiãs habilidosas que dispõem de aparelhos de alta tecnologia e que estão em busca da Joia da Alma e dos lendários Latios e Latias. Quem se surprendeu ao ver Domino em ação no especial "O Retorno de Mewtwo", vai se impressionar ainda mais com Anne e Oakley.
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As espiãs encontram Latias primeiro, mesmo transformada em uma humana (este é apenas um dos misteriosos poderes deste Pokemon) ela não consegue enganar Anne e Oakley e é atacada pelos pokémons dela, Espeon e Ariados.
No momento em que seria capturada, Latias é salva por Ash e Pikachu. Eles fogem com Latias, sem saber que ela é um Pokemon,. Latias (ainda em forma humana) desaparece, deixando Ash sem respostas sobre quem ela é e porquê estava sendo atacada.
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Latias transformada em humana
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Ash salvando Latias de Espeon e Ariados
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Ainda em Alto Mare, os três visitam o museu e conhecem o sr. Lorenzo, lá Ash encontra Bianca e confunde a menina com Latias. Ash corre pela cidade atrás da moça, e quando consegue falar com ela, a menina diz que não o conhece, ainda na cidade ele a vê outra vez, mas agora a menina faz com que Ash siga ela até um imenso jardim, lá Ash e Pikachu são atacados por Latios, a menina se coloca na frente de Ash e impede que Latios os machuque, Lorenzo e Bianca aparecem. Logo tudo se explica, Latias assume sua verdadeira forma e Bianca explica que por ser amiga de Latias, esta gosta de sair pela cidade transformada nela. Lorenzo conta a história do herói de Alto Mare, um Latios que se sacrificou para levar a água para as ruas de Alto Mare e sobre o poder da Joia da Alma. Esse mesmo Latios deixou dois filhotes órfãos, e Lorenzo tem cuidado deles.
Infelizmente a paz é destruída quando Anne e Oakley invadem o lar dos guardiões de Alto Mare, com Espeon, Ariados e utilizando equipamentos de alta tecnologia, as espiãs conseguem capturar Latios, mas Latias consegue escapar e vai buscar a ajuda de Ash.
Infelizmente a paz é destruída quando Anne e Oakley invadem o lar dos guardiões de Alto Mare, com Espeon, Ariados e utilizando equipamentos de alta tecnologia, as espiãs conseguem capturar Latios, mas Latias consegue escapar e vai buscar a ajuda de Ash.
Latios é levado ao museu, Lorenzo e sua neta Bianca tentam impedir as garotas, mas são feitos prisioneiros. Latios é colocado no MDA (Mecanismo de Defesa de Alto Mare), a máquina é ativada pelo poder de Latios e da Joia da Alma e Oakley passa a controlar o MDA. Com o poder desse equipamento, ela faz ressurgir Aerodactyl e Kabutops, antigos Pokémon que no passado ameaçavam o povo de Alto Mare.
No Centro Pokemon, Ash conta para Misty e Brock toda a história envolvendo os guardiões de Alto Mare e através da visão compartilhada com Latios, Latias mostra aos treinadores onde está Latios e o que acontece no museu.
Oakley ativa um mecanismo de defesa que bloqueia toda a cidade, e para não ficarem presos no Centro Pokemon, Ash foge com Latias e Pikachu, mas Brock e Misty ficam presos. Para ajudar Ash, eles enviam seus Pokémon e pedem para que eles encontrem Ash e o proteja. Aerodactyl é o primeiro a atacar Ash e Latias, mas eles conseguem despistá-lo, logo surge Kabutops que é derrotado pelos Pokémon de Misty e Brock.
Ash, Latias e Pikachu continuam seu caminho e são atingidos pelas águas que estão sob o controle de Oakley. Os três chegam ao museu, mas o MDA está fora de controle, a Joia da Alma está corrompida. Para salvar Lorenzo e Bianca, Ash e Pikachu derrotam Espeon e Ariados, e com a ajuda de Latias eles libertam Latios do MDA.
Brock e Misty conseguem chegar ao museu, mas é tarde, quando Anne toca na Joia da Alma o MDA fica novamente fora de controle, toda a água que cobre Alto Mare simplesmente abandona a cidade em fortes correntezas para o mar e retornam na forma de uma poderosa onda gigante. Latios e Latias se unem e quebram a força da onda, no entanto, a Joia da Alma perdeu todo seu poder, e Latios se sacrifica para criar uma segunda Joia.
A água volta a correr pelas ruas de Alto Mare, Aerodactyl e Kabutops voltam a ser fósseis, mas apenas Latias é encontrada no mar, trazida pelos Pokémon da água. Num último momento, a visão compartilhada de Latias e Latios, mostra a todos a Terra vista de longe, mas logo o compartilhamento é quebrado, pois Latios se sacrificou por Alto Mare.
A segunda Joia da Alma é colocada no mesmo lugar da antiga, devolvendo a paz para a cidade. No fim vemos uma Latias (ou Bianca?) se despedir de Ash e entregando a ele um pintura dele com Pikachu. Bianca ainda chega a beijar Ash.
Os treinadores seguem sua viagem e no céu podemos ver os irmãos Latios e Latias e um outro Latios voando com eles, os Heróis Pokemon.